扁桃炎に対する薬物治療として、細菌が原因となっている場合には抗生剤による治療が有効です。細菌の中でも、溶連菌が原因の場合は、合併症として「急性糸球体腎炎」「アレルギー性紫斑病」「リウマチ熱」を合併することがあるので、特に、抗生剤治療が肝心です。
通常、ペニシリン系抗生剤、セフェム系抗生剤、アジスロマイシン（ジスロマック）などが用いられます。

一方、ウイルスが原因の場合は、単純ヘルペスを除いてこれといった特効薬がありません。そこで、通常は抗生剤を使用せずに症状に応じた治療を行います。例えば、発熱に対しては解熱剤、関節痛には痛み止めの内服や湿布薬、喉の痛みにはうがい薬やトローチ、といった具合です。
ウイルスが単純ヘルペスと分かった場合には、それらに加えて、水疱瘡（みずぼうそう）の治療にも用いられるアシクロビル（ゾビラックス）やバラシクロビル（バルトレックス）といった抗生剤を内服します。

「慢性扁桃炎」とは、扁桃内に細菌が住みつき、微熱や全身倦怠感などの症状が発症する病気です。疲れやストレスなどでさらに免疫力が落ちてくると、住み着いた細菌が増殖し、炎症がひどくなって急性扁桃炎と同様の激しい症状が出てきます。治療を行うと数日～1週間で回復しますが、疲れて免疫力が低下するとまた強い炎症が起こります。
１年間に４回以上このような経過をたどる場合、特に「習慣性扁桃炎」と呼びます。習慣性扁桃炎は薬では根本的に治せない場合があるので、このような場合は手術で扁桃を摘出することも検討することになります。