診断のために、血液検査、肝機能検査、ＥＢウイルス・サイトメガロウイルス抗体検査を行います。
血液検査では、血液中の白血球数の増加（15000μリンパ球・異型リンパ球の増加（10％以上）が認められます。また、肝機能を表すALT値、AST値は、ほとんどの場合で300～400IU原因ウイルスの診断には特異的IgM抗体の検出が重要となりますが、小さいお子さんの場合は陰性のことが多く、最低でも急性期と回復期の２回の血液検査を行うことが必要です。
類似の扁桃炎を起こす病気に、溶連菌やアデノウイルスによる扁桃炎があります。また、リンパ節、肝臓、脾臓がはれる病気には急性リンパ性白血病、悪性リンパ腫、風疹(ふうしん)、Ａ型肝炎などがあります。そこで、血液検査等をしっかり行って鑑別しなければなりません。
また、サイトメガロウイルスによる伝染性単核症では、肺炎、喘息様(ぜんそくよう)気管支炎などの呼吸器症状の強いお子さんも多く、ＲＳウイルス（急性細気管支炎）、クラミジア肺炎などとの鑑別も必要です。